Una serie de grotescos asesinatos, hacen entran en conflicto a Lara con un siniestro alquimista del pasado y una secreta alianza de individuos poderosos envueltos en misterio. El centro de estos misterios son cinco pedazos de arte del siglo 14 y que el alquimista esta desesperado por volver a poseer. Acusada por el asesinato de su mentor Werner Von Croy, Lara se convierte en fugitiva. Perseguida por la policía, ella sigue al alquimista por un mundo oscuro de sangre, traición y venganza donde decide derrotar a esta malvada alianza e impedirles desatar sus increíbles poderes en el mundo.
Tras su cercana muerte en Egipto Lara se a vuelto mas fría y calculadora, con un alma mas oscura y llena de desconfianza que la atormentan asta hoy, tras permanecer unos años apartada del mundo exterior Lara recibe una llamada de Von Croy pidiéndole que viaje a Paris para encontrarse en su apartamento.
Al llegar Von Croy le pide ayuda y le cuenta que el asido contratado por una misteriosa organización para encontrar un Grabado De Obscuras, pero el hombre que le a contratado esta loco y quiere matarlo. Lara discute con el y le recuerda a Von Croy lo que sucedió en Egipto.
Von Croy le entrega un papel de un contacto que guarda su diario con toda la información de la ubicación de los cuadros. De repente algo entre las sombras golpea a Lara, dejándola inconsciente. Al despertar Lara descubre que Von Croy yace muerto junto a ella.
¡Si! le han tendido una trampa, pero ¿Quien? el juego empieza con Lara huyendo de la policía, embarcándola en una nueva aventura y poniéndola de nuevo en acción.
En la trama del Aod, todos los pasos guiaran a Lara hasta la Cabal, una organización secreta con fines oscuros. En su camino se cruzara Kurtis Trent, un ex-legionario aguerrido que busca vengar la muerte de su padre y de la orden Lux Veritatis.
Juntos unirán fuerzas para desentrañar tales asesinatos terminando por sentir una fuerte atracción el uno por el otro. Al final descubriremos que Eckhardt había contratado a Von Croy para encontrar las pinturas y quien había producido tales asesinatos para conseguir de sus muertes la vida eterna. Si Eckhardt consigue las pinturas, despertara una raza antigua mencionada en los evangelios de Enoch, los híbridos descendientes de Ángeles y mortales para dominar el planeta.